Ziel von FONA³ ist, Innovationen für eine nachhaltige Gesellschaft zu fördern. Um die Wirkung des Rahmenprogramms zu gewährleisten, werden die Fördermaßnahmen von vornherein auf klar formulierte Ziele ausgerichtet und die Zielerreichung systematisch evaluiert. Die jeweiligen Resultate und Effekte der geförderten Arbeiten sollen dabei – soweit möglich – anhand von möglichst spezifischen, messbaren und zeitlich definierten Indikatoren nachvollzogen und dokumentiert werden. Evaluation und Wirkungsanalyse werden darüber hinaus der strategischen Weiterentwicklung von Programmstruktur und -inhalten dienen.

Neben den Einsichten aus den Evaluationen der laufenden und abgeschlossenen Maßnahmen werden die Inhalte in FONA³ fortlaufend dahin gehend überprüft, ob sie durch neue Themen und Trends in der Nachhaltigkeit ergänzt werden sollten.

Ein bewährtes Instrument sind die Verbundprojekte, die sich durch hohe Ansprüchen an transdisziplinäre Elemente, partizipative Elementen sowie eine moderne Wissenschaftskommunikation auszeichnen. Transformative Forschung, wie Reallabore, sind neue Elemente der Projektförderung in FONA³.